Smeđa pegavost, monilija i pepelnica dunje najčešće su bolesti dunje. Zaštita je efikasnija kada znamo protiv čega je štitimo. Kako bi se sprečilo smanjenje roda i propadanje stabla potrebno je poznavati simptome bolesti i optimalan momenat primene zaštitnih metoda.
Dunja je nekada bila veoma česta voćna vrsta, ali smanjenju brojnosti stabala su doprinele razne bolesti i nesprovođenje zaštite. Ipak, ona se u zadnje vreme vraća u voćnjake na našim područjima. Kako bi se sprečilo smanjenje roda i propadanje stabla potrebno je poznavati simptome bolesti i optimalan momenat primene zaštitnih metoda. Zaštita je efikasnija kada se zna protiv čega se štiti dunja koju napadaju brojni prouzrokovači oboljenja.
Kada je u pitanju smeđa pegavost lista dunje bolest se najčešće uočava na zapuštenim stablima. Karakteristična je za proleće s čestim i obilnim padavinama. Na listovima se javljaju pege, a zaraza može biti izuzetno jaka i dovesti do defolijacije, gubitka listova. Zbog ove pojave slab je razvoj pupoljaka za sledeću godinu, prinos je manji. Veoma često se dešava da posle defolijacije stablo krajem leta i u jesen ponovo krene u vegetaciju što ga dodatno iscrpljuje i čini podložnim izmrzavanju tokom zime. Prepoznaje se po karakterističnim pegama na listu koje mogu biti brojne. Sivkaste su i promera od dva do tri milimetra, a ponekad se mogu i spojiti te prekriti list što dovodi do smanjenja asimilacije hraniva. U tom slučaju oni treba da se sakupe i spaliti, jer uzročnik prezimljava u njima. Glavni tretman zaštite se obavlja u rano u proleće pre nego što se pojave listovi. Koriste se preparati na bazi bakra ili na bazi sumpora, kao i njihove alternative.
Monilija dunje predstavlja ekonomski najznačajniju bolest dunje. Javlja se isključivo na ovoj voćnoj vrsti. Simptomi se uočavaju na cvetovima krajem perioda cvetanja kao palež i na plodovima dolazi do pojave truleži. Na mladim listovima na početku cvetanja se javljaju promene. Oni počinju venuti, dobijaju smeđu boju i nekrozu duž lisnih nerava. Ako je vreme kišovito na njima će se formirati micelije koje mirisom koji podseća na bademe privlače insekte. Upravo oni dalje prenose spore na cvetove. Spore gljivice rastu kroz tučak i dospevaju do plodnice cveta i posle u plod. Mladi plodovi se razviju do veličine lešnika i ostaju mumificirani na krošnji ili opadaju na zemlju. U ovom obliku gljivica prezimljava. Pogoduje joj vlažno vreme i temperatura od 15ºC. Prouzrokovač oboljenja se širi pomoću insekata, kiše i vetra. Osnovna mera suzbijanja je da se iz zasada uklone svi mumificirani plodovi, sa stabala i s površine zemlje, kao i zaražene grane. Sve se iznosi iz voćnjaka i spaljuje. Posle rezidbe, a pre kretanja pupoljaka koriste se sredstva na bazi bakra. S njima se može ići i posle cvetanja, jer ih dunja dobro podnosi.
Kod pepelnice dunje simptomi se ispoljavaju na listovima u vidu pepeljaste prevlake, a u slučaju jake zaraze ona se javlja na plodovima. Razvoju pogoduje vlažno i toplo vreme. Za suzbijanje pepelnice se koriste preparati na bazi sumpora, zatim organski insekticidi. U organskoj poljoprivredi se upotrebljavaju preparati namenjeni suzbijanju ove pojave, a to su soda bikarbona, preslica, apta te biopreparati na bazi bakterija.
Pored ovih najčešćih oboljenja na dunji se javljaju crna pegavost lista i ploda, ervinija, trulež i razne druge bolesti.