Suncokret je podložan mnogim bolestima, od kojih su najrasprostranjenije crna repina vaš, plamenjača suncokreta, bela i siva trulež suncokreta.
Na području Sombora na 20-50% biljaka suncokreta prisutna je bolest crna repina vaš i to na obodnim delovima parcela. S obzirom na to da ona prvo naseljava obodne delove parcela, poljoprivrednim proizvođačima se preporučuje da pregledaju svoje useve na ivičnim delovima u cilju utvrđivanja prisustva lisnih vaši.
Još jedna bolest je plamenjača suncokreta. U pitanju je rašireno oboljenje u svim regionima gajenja ove kulture. Isključivi (obligatni) je parazit jer se može razvijati samo u živim tkivima biljke hraniteljke. Smatra se da su prosečni gubitci prinosa 5-10%, pa čak i preko 50% u povoljnim godinama za razvoj bolesti. Postoje otporni hibridi, ali sa povećanjem površina pod suncokretom, u poslednje vreme se zapaža sve češća pojava ove bolesti. Na poljima se javljaju dva tipa simptoma plamenjače suncokreta. Ako do infekcije dođe ranije u vegetaciji, karakteristična je pojava takozvanih sistemično zaraženih, kržljavih biljaka, sa skraćenim internodijama. Lišće kod ovih biljaka je mozaično – hlorotično, na čijem naličju se formira gusta bela navlaka. Glavice obolelih biljaka su sitne, sa uspravnim položajem i šturim semenom. Ovo je najčešći i najštetniji oblik oboljenja. Drugi tip simptoma se javlja kasnije u toku vegetacije kao rezultat sekundarne infekcije i ispoljava se u vidu lokalnih pega na lišću, koje imaju u povoljnim uslovima belu navlaku od sporonosnih organa gljive na donjoj strani liske. Ova forma se znatno ređe javlja u jačem intenzitetu i nema uticaja na prinos suncokreta.
Bela trulež suncokreta je oboljenje suncokreta rašireno u svim rejonima gajenja ove biljke. U vlažnim godinama zaraze se dešavaju od 15-20, pa i 50 %. Ovaj patogen je polifagni parazit. Napada sve organe suncokreta u svim fenofazama njegovog razvoja. U zavisnosti od fenofaze razvoja suncokreta u kojoj je biljka napadnuta, razlikuje se nekoliko oblika bele truleži. Zaraženo seme odnosno klijanici brzo propadaju. Kod mladih biljaka nastaju vlažna trulež i nekroza tkiva. Prvi simptomi bolesti se ispoljavaju u vidu gubljenja turgora listova. Bolest počinje od prizemnog dela stable. Na obolelim delovima biljaka dolazi do odumiranja tkiva i ono dobija mrko-braon boju. U vlažnim uslovima, formira se gusta bela navlaka od micelije. Bolest redovno prstenasto zahvata stablo a biljka veoma brzo vene i ugine. Pred kraj vegetacije gljiva obrazuje tamnomrke sklerocije u okviru zaraženih delova biljaka. Stabljična forma bele truleži se javlja u vreme porasta biljaka. Zaraza se ostvaruje preko lisne drške na mestima gde su list ili lisna drška bili oštećeni. Zaraženi delovi dobijaju svetlomrku boju i na njima, se u vlažnim uslovima, formiraju beličasta gusta micelija i crne sklerocije parazita. Usled razaranja tkiva, dolazi do lomljenja stabla na mestu zaraze. Bela trulež glavica se javlja krajem cvetanja i nalivanja zrna. Na donjoj strani glavice nastaju mrke, ugnute pege, čiji se obim brzo povećava. Zaraženo tkivo u okviru pega se razmekšava i počinje da truli. Sklerocije predstavljaju osnovni izvor inokuluma, koji se uglavnom održava u zemljištu. U znatno manjoj meri sklerocije se prenose i semenom. Sklerocije mogu da sačuvaju vitalnost u zemljištu 3-7 godina.
Siva trulež suncokreta se javlja u skoro svim područjima proizvodnje suncokreta, može se javiti na suncokretu od klijanja semena do žetve. Zaraženo seme, u uslovima prohodnog i vlažnog vremena, truli i propada. Oboljenje može da se javlja i na stablu, na listu i na lisnim drškama suncokreta. Zaraženi delovi dobijaju svetlomrku boju sa sivom praškastom navlakom. Simptomi sive truleži se najčešće javljaju na glavicama suncokreta. Prvi simptomi oboljenja uočavaju se sa donje strane glavice gde nastaju svetlo-mrke udubljene pege, koje se postepeno povećavaju, zahvatajući veće površine tkiva.
