Korovi nisu jedina pošast pšenice, bolesti lista i stabla pšenice znaju da naprave velike štete, jer se redovno javljaju svake godine. Intenzitet njihove pojave zavisi od vremenskih uslova – ako je toplije i ako su kiše češće biće više bolesti i obrnuto.
Tri najvažnije bolesti pšenice su: pepelnica, lisna pegavost i rđa pšenice. Pepelnica pšenice (Erysipahae spp.) se redovno javlja svake godine u većem ili manjem intenzitetu. Lako se prepoznaje po sivkasto-beloj navlaci preko lista i stabla. Nema otpornih i tolerantnih sorti pšenice na nju. U principu nije tako opasna sve dok ne zahvati list zastavičar ili eventualno klas, jer su tad štete veoma velike.
Rđa pšenice (Pucinia graminis tritici) se isto tako javlja svake godine i pogoduje joj vlažnije vreme. Naše domaće sorte pšenice su uglavnom otporne ili tolerantne na rđu, ali smo introdukcijom novih sorti iz inostranstva koje nisu otporne ili tolerantne na rđu, verovatno dobili i neku novu rasu ovog parazita, pa su se simptomi rđe prošle godine javili i na domaćim sortama. Prošla godina je bila i godina rđe, i na mnogim lokalitetima je upravo ova bolest bila limit prinosa i kvaliteta pšenice.
Lisna i stabljičina pegavost – Septoria se isto tako javlja svake godine i češće napada useve oslabljene stresom. Često se simptomi ove bolesti mešaju sa oštećenjima od vetra ili kasnih prolećnih mrazeva, a u stvari su to simptomi lisne pegavosti. U pojedinim godinama, pogotovo u onim u kojima pšenica doživi stres, lisna pegavost prouzrokuje ekonomski značajne štete.
Zajedničko za sve tri ove bolesti je njihovo vreme pojave prvih simptoma. To se obično dešava u prvim danima ili prvoj polovini aprila. Poljoprivredna praksa je prihvatila običaj da se ove bolesti pšenice suzbijaju zajedno sa suzbijanjem korova. Ovaj tretman treba izvesti dok je pšenica u bokorenju ili eventualno u prvom i drugom kolencu, jer tada fungicidi mogu da dopru u donje spratove pšenice i tamo svojom aktivnošću odlože primarne infekcije od ovih bolesti. Ovo je vrlo značajno jer se sve tri bolesti više razvijaju u donjim spratovima pšenice, što je i logično, iz razloga što se upravo tu nalazi skoro saturisana mikroklima koja je idealna za razvoj bolesti. Sve tri bolesti mogu se suzbijati preparatima na bazi kombinacije tri aktivne materije i to: epoksi kaonazola, triazola i tiofanat-metila. Proizvođačima se preporučuje da pregledaju svoje useve i ukoliko uoče prisustvo simptoma bolesti na preko 10% biljaka sprovedu hemijski tretman nekim od registrovanih fungicida.
Takođe je uočeno prisustvo ŽITNE PIJAVICE (Lema melanopus) i LISNIH VAŠI (Aphididae) u niskom intenzitetu napada. Ako proizvođači registruju više od 15 imaga žitne pijavice (Lema melanopus) po metru kvadratnom ili 0,5 do 1 larve po biljci preporučuje se insekticidni tretman nekim od registrovanih preparata. Primena ovog tretmana delovaće i na suzbijanju lisnih vaši čiji je prag štetnosti njihovo prisustvo na 20-30% pregledanih biljaka.
