Čuvanje zrna soje je težak proces jer sadrži ulje. Kvalitetna i pravovremena žetva soje je veoma odgovoran i zahtevan posao koji podrazumeva pravovremeno određivanje stanja useva i pripremljenost za ubiranje, čime se mogu izbeći veći gubici i šteta.
Žetva se izvodi žitnim kombajnom podešenim za rad u usevu soje. Ono što posebno treba istaći je, da se izvrši ispitivanje vlage zrna, jer od toga zavisi i prinos i kvalitet. Visina vlage za zrno soje treba da iznosi između 12 i 15%, jer u protivnom vlažnije zrno treba dosušiti, a sasušeno zrno je osetljivo na udar, krto je i brzo se lomi. Najvažnije za svakog poljoprivrednog proizvođača je, da pravilno podesi rad kombajna, odnosno brzinu obrtaja bubnja i zazor između bubnja i podbubnja.
Takođe, veliku pažnju treba obratiti na čuvanje semena, njegovu dužinu trajanja i sprečavanje fizioloških i patogenih oštećenja što se ogleda kroz smanjenje vlage, odstranjivanje primesa koje mogu izazvati hemijske promene u zrnu menjajući kvalitet proteina, enzima, masnih kiselina koje se nalaze u zrnu i koje se mogu promeniti u zavisnosti od uslova čuvanja zrna.
Glavni spoljašnji faktori koji utiču na kvalitet semena tokom čuvanja su temperatura, relativna vlažnost vazduha, kao i kiseonik.
Seme sa niskom životnom sposobnošću strada prvo. Seme gubi energiju klijanja, zatim vigor, a na kraju postaje kompletno bez životne sposobnosti. Unutrašnji faktori koji utiču na čuvanje semena su sadržaj vlage i početni kvalitet semena. Pri povećanim procentom vlage može doći do razvoja skladišnih gljivica. Proces starenja semena uključuje oštećenje mnogih sistema unutar tkiva pri čemu tkivo postaje propustljivije što pokazuje da je došlo do oštećenja membrane ćelija. Tim procesom dolazi do raznih negativnih promena u metabolizmu semena čime slabi vigor, dolazi do izumiranja semena što se ogleda kroz povećanje osetljivosti na stresne uslove, smanjene klijavosti i porasta ponika, smanjenja sposobnosti na skladištenje, i uopšte na smanjenje prinosa. Zato, jedno od najznačajnijih pitanja kada se govori o čuvanju semena je održavanje optimalnih uslova za očuvanje semenskih kvaliteta tokom skladištenja. Sadržaj vode u semenu i temperatura skladištenja su veoma značajni faktori koji određuju životnu sposobnost semena i potencijal za čuvanje.
