Često možemo čuti da organska prozivodnja isključuje upotrebu đubriva, međutim to ne samo da nije tačno, već nije ni preporučljivo. Za organsku, kao i za bilo koju drugu proizvodnju je izuzetno važno pravilno đubrenje, jedino što je u ovom slučaju ono ograničeno na prirodna đubriva.
Za ishranu biljaka i oplemenjivanje zemljišta u organskoj proizvodnji koriste se organska, mineralna i mikrobiološka đubriva. Đubrenje u organskoj poljoprivredi se definiše kao usmereno snabdevanje zemljišta i pravovremeno obezbeđivanje biljaka hranljivim materijama, vodeći računa o njihovim gubicima. Na taj način prednost se daje đubrenju zemljišta, a ne đubrenju gajenog useva. Pravilnim korišćenjem hraniva uspostavlja se plodnost zemljišta na agronomskom i ekonomski prihvatljivom nivou, što je preduslov za uspešnu organsku proizvodnju.
U organskoj biljnoj proizvodnji dozvoljeno je korišćenje sledećih đubriva organskogporekla: stajsko đubrivo, osušeno stajsko đubrivo i dehidrisano životinjsko đubrivo, kompostirani životinjski ekskrementi, uključujući životinjsko đubrivo i kompostirano stajsko đubrivo, tečni životinjski ekskrementi, kompostirani ili fermentisani otpadci sa gazdinstva, treset, ostaci posle proizvodnje pečuraka, ostaci uginulih crva i insekata, guano, kompostirana ili fermentisana smesa biljnih materija, proizvodi ili nus-proizvodi životinjskog porekla, proizvodi i nus-proizvodi biljnog porekla za đubrenje, morske trave i proizvodi od morskih trava, strugotina ili drveni ostaci, kompostirana kora drveta, drveni pepeo.
Ako gazdinstvo ne raspolaže stočnim fondom, dozvoljena je kupovina organskih đubriva sa drugih farmi (tradicionalnih i organskih) na kojima se vrši kontrola, pri kojoj se, pored ostalog, traži potvrda da genetski modifikovani organizmi nisu prisutni u đubrivu. Đubriva poreklom sa intenzivnih sistema su zabranjena.Korišćenje organskih đubriva kao što su stajnjak, kompost, zelenišno đubrenje, glistenjak, čine oslonac proizvodnje zdravstveno bezbedne hrane, zbog potencijalnih negativnih efekata koje može da izazove nekontrolisana primena mineralnih đubriva. Preduslov uspešne proizvodnje jeste kombinovana biljno-stočarska proizvodnja, jer jedino ona može da obezbedi kruženje hraniva unutar farme, bez velikih inputa sa strane.
Kvalitetno mikrobiološko đubrivo treba da sadrži efektivne vrste i sojeve mikroorganizama koji će aktivirati određeni mikrobiološki proces i obezbediti biljku hranljivim materijama. Ovi mikroorganizmi treba da poseduju dobru sposobnost preživljavanja i prilagođavanja na novu sredinu i specifične uslove u zemljištu i da imaju visoku sposobnost kompeticije sa autohtonim populacijama mikroorganizama.
