Još pre nego što se obavi berba dunja, treba znati za šta će biti korišćenje. U zavisnosti od toga, drugačije će se organizovati berba, a pravovemeno ubiranje plodova je prvi korak ka zaštiti dunje u skladištima.
Plodovi dunje se beru od kraja septembra do kraja oktobra. Zrelost za konzumnu upotrebu ne dostižu na stablu već za 1-2 meseca po berbi. Plodovi dunje su fiziološki zreli kad dostignu maksimalnu krupnoću za dotičnu sortu, kad dobiju žućkastu ili žutu boju i kada se lako otkidaju od rodnih grančica. Plodovi dunje kao konzumno voće beru se u fiziološkoj zrelosti,a ako se beru za preradu onda se beru u punoj zrelosti.
Ako se plodovi dunje beru pre fiziološke zrelosti nastaju veliki gubici (do 1% dnevno), kvalitet je slabiji, plodovi se ne mogu dugo čuvati, a ako se čuvaju znatno je veći kalo (gubitak mase). Takođe i pri kasno ubranim plodovima štete mogu biti velike zbog prekomernog opadanja ploda i fizioloških bolesti.
Vreme berbe dunje najčešće se određuje po boji pokožice i lakoći odvajanja plodova od grana. Međutim može se odrediti i na osnovu broja dana od punog cvetanja do tehnološke zrelosti ploda, kao i lakoće skidanja malja sa ploda (sa zelenih plodova malje se teže skidaju). Dunju treba brati po suvom i lepom vremenu od donjih grana i postepeno prelaziti na više, pri čemu se otpadanje plodova svodi na najmanju moguću meru. Berba se obavlja rukom tako što se plod obuhvati celom šakom, malo podigne i uvije i tako odvoji od grančice. Treba voditi računa da se plodovi beru pažljivo jer je dunja vrlo osetljiva na ubode i da se ne povređuju noktima, jer svaka ozleda na plodu predstavlja ulazna vrata izazivačima truljenja plodova, bez obzira na to gde će se čuvati. Pri berbi dunje treba voditi računa da se ne lome grančice koje nose plodove, jer se na njima formiraju rodni pupoljci za narednu godinu. Dunje za upotrebu u svežem stanju pakuju se u ambalažu od drveta (holandeze) u kojima se plodovi slažu u jednom sloju. Plodovi za preradu mogu se prevoziti u rinfuznom stanju u boks paletama ili plastičnim jabučarima. Plodovi dunje mogu se čuvati 3 meseca na 0-20 stepeni Celzijusovih i relativnoj vlažnosti vazduha od 90% uz predhodnu dobru zaštitu u voćnjaku i tretiranje plodova fungicidima pre unošenja u hlađeno skladište. Imajući u vidu da se dunja bere kasno u oktobru mesecu kada su prošle visoke temperature, plodovi se mogu relativno dobro čuvati u dobro provetrenim podrumima ili sličnim prostorijama do početka januara pa čak i do marta u zavisnosti od sorte.
