U svakoj pokrivci koja služi za gajenje šampinjona žive različiti organizmi, vidljivi i nevidljivi, pokretni i nepokretni (bakterije, gljivice, virusi, nematode) koji će naneti velike štete micelijumu i kompostu. Zato je potrebno da se pristupi dezinfikovanju pokrivke pre nego što se nanese na kompost. Dezinfikovanje mora da se odradi na vreme, jer od ove tačke procesa gajenja šampinjona zavisi kompletna proizvodnja.
Pokrivku treba obavezno dezinfikovati formalinom. To je 40% rastvor formaldehida i može se kupiti u poljoprivrednim apotekama kao tečnost koja sadrži određen procenat formaldehida (od 25-37%). Rukovanje formalinom može biti štetno po zdravlje, pa makar njegov miris bio prisutan i u najmanjim tragovima. Najpre treba zaštititi oči i disajne organe korišćenjem maske za lice na kojoj se nalazi gasni filter, a zatim i ruke koristeći gumene rukavice. Prisustvo formalina utiče i na micelijum, jer micelijum ne raste dok se oseća miris formalina.
Dezinfikovana pokrivka treba da odstoji 7-8 dana, a zatim se mora otkriti i promešati kako bi zaostali formalin bio izmešan i lakše isparavao. U tom periodu se koristi prilika da se popravi vlaga dodavanjem određene količine vode. Posle 3-4 dana od prvog mešanja gomilu ponovo otkriti promešati i dodati opet određenu količinu vode da bi se dobila željena vlaga.
Tada se može iskoristiti prilika i dodati neki fungicid a.m. prohloraza za zaštitu od Mikogone, Verticilijuma i Daktilijuma. U slučaju pojave štetnih insekata može se koristiti neki kontaktni insekticid. Hemijska zaštita radi se tokom pripreme pokrivke. Za vreme berbe NE koriste se hemijska sredstva.
