Dunja kao jedna od najkasnijih voćnih vrsta bere se tokom septembra pa sve do kraja oktobra meseca, pritom vreme skidanja tog voća direktno utiče na kvalitet plodova i njihova tehnološka svojstva.
Razlikuju se dva stepena zrelosti plodova: fiziološka (botanička) i potpuna (konzumna) zrelost. Vreme berbe plodova namenjenih konzumnoj upotrebi u preksi se određuje po boji pokožice koja dobija žućkastu nijansu, tamnoj boji semenki, broju dana od punog cvetanja do berbe (potrebno je 120 – 150 dana), lakoći odvajanja peteljke ploda od grančice. Plodovi dunje namenjeni industrijskoj preradi, što je uglavnom cilj većih zasada, beru se u punoj tehnološkoj zrelosti. Taj momenat utvrđuje se optičkim mernim instrumentom – refraktometrom. Ovaj uređaj služi za određivanje sadržaja šećera u različitim voćnim sokovima izražavajući se u jedinicama Brix-a. U našim uslovima gajenja, plodovi leskovačke dunje u punoj zrelosti sadrže prosečno 11–15% ukupnih šećera.
Posebno treba voditi računa da prilikom berbe nema loma grančica koje nose plodove jer su one nosioci rodnih pupoljka za narednu vegetacionu sezonu. Preranom berbom u odnosu na fiziološku zrelost, mogu nastati veliki gubici u masi, kvalitetu plodova ali i skraćenju perioda njihovog čuvanja. Suprotno tome ukoliko se sa berbom zakasni, postoji opasnost od prekomernog opadanja, kao i pojave truleži plodova tokom perioda skladištenja. Prema kvalitetu, dunje se stavljaju u promet kao plodovi prve i druge klase. Prvu klasu odlikuje mezokarp (meso ploda) svetlo žute boje bez mrkih mrlja na pokožici prečnika ploda najmanje oko 70 mm. Druga klasa može imati 5% plodova sa mrkim mrljama i manjim oštećenjima, ali prečnik ploda mora biti preko 50 mm.
Optimalan period čuvanja jeste do 3 meseca na temperaturi od 0 do 2 stepena pri relativnoj vlažnosti vazduha oko 90 %. Ovaj period svakako može biti i duži uz predhodno dobru zaštitu i tretiranje plodova u voćnjaku fungicidima pre unošenja u rashlađeno skladište. Dobro isušeni i provetreni podrumi, takođe mogu biti idealna mesta za čuvanje sve do kraja februara, pa i početka marta meseca. U toku čuvanja na plodovima se mogu javiti različita fiziološka i gljivična oboljenja. Od fizioloških oboljenja najčešća su: tamnjenje mezokarpa, gorke pege i pege prouzrokovane virusima. Od gljivičnih oboljenja najčešća je meka trulež (prouzrokovač Penicillium expansum). Pojava ovih bolesti može se sprečiti pravovremenom berbom, pažljivim manipulisanjem plodovima i čuvanjem na odgovarajućoj temperaturi, što obezbeđuje siguran plasman na tržište i dobru profitabilnost.
