Poljoprivrednik u sistemu PDV ostaje najmanje dve godine, a po isteku roka ukoliko ne ispuni obavezan uslov za ostanak u sistemu može da podnese zahtev za prestanak obaveze plaćanja PDV.
Poljoprivrednik postaje obveznik poreza na dodatu vrednost (PDV) kada u prethodnih 12 meseci ostvari ukupan promet veći od 8.000.000,00 dinara. Dužan je da podnese evidencionu prijavu nadležnom poreskom organu i to najkasnije do isteka roka za predaju periodične poreske prijave. Evidencionu prijavu podnosi i mali obveznik, odnosno poljoprivrednik koji je ostvario promet manji od 8.000.000,00 dinara, a koji se dobrovoljno opredelio za obavezu plaćanja PDV. U ukupan promet ulaze prihodi od prodaje poljoprivrednih i šumskih proizvoda, od premija povezanih sa prometom dobara (premija za mleko) i prihodi od izvršenih poljoprivrednih usluga.
Obveznik PDV najmanje dve godine mora ostati u sistemu PDV, a po isteku roka ukoliko ne ispuni obavezan uslov za ostanak u sistemu može da podnese zahtev za prestanak obaveze plaćanja PDV. Poljoprivrednik čiji ukupan promet dobara i usluga u prethodnih 12 meseci nije veći od 8.000.000 dinara ne obračunava PDV za izvršen promet dobara i usluga, nema pravo iskazivanja PDV u računima, nema pravo na odbitak prethodnog poreza i nije dužan da vodi evidenciju propisanu zakonom.
Poljoprivrednici koji nisu obveznici PDV, a kupuju sve inpute (seme, đubrivo, gorivo, stočnu hranu…) u kojima je i porez na dodatu vrednost, prodajom svojih proizvoda (voće, živa stoka, mleko), obveznicima PDV, imaju bar delimičan povraćaj poreza (8%), tako što je propisano da onaj ko vrši nabavku a obveznik je PDV, plaća poljoprivrednom proizvođaču na iznos nabavke PDV nadoknadu po umanjenoj stopi od 8%. Ako je jedinična cena poljoprivrednog proizvoda 100,00 dinara, kada se on otkupljuje od poljoprivrednika mora se otkupiti po ceni od 108,00 din i to se mora prikazati u priznanici koju potpisuju kupac i poljoprivrednik (osnovica + iznos PDV po stopi 8% = ukupna vrednost). Ovih 8 % je stimulacija koju država daje poljoprivredniku, a u propisima se naziva PDV nadoknada poljoprivredniku.
PDV nadoknada se priznaje poljoprivrednicima, koji su vlasnici, zakupci i drugi korisnici poljoprivrednog i šumskog zemljišta i koji su upisani kao nosioci, odnosno članovi poljoprivrednog gazdinstva u registru poljoprivrednih gazdinstava, a koji izvrše promet poljoprivrednih i šumskih proizvoda, odnosno poljoprivrednih usluga obveznicima PDV. Kupac koji je isplatio poljoprivredniku PDV nadoknadu od 8%, može da koristi taj PDV kao prethodni PDV, tako što će za isti iznos manje platiti svoje obaveze državi po osnovu PDV.
